សាកលវិទ្យាល័យការពារជាតិ ត្រូវបានបង្កើតឡើងចាប់តាំងពីឆ្នាំ១៩៥៤ដោយបានដាក់ឈ្មោះថា បណ្ឌិតសភាយោធា ដែលបានដំណើរការអប់រំបណ្តុះបណ្តាលនាយទាហានជាន់ខ្ពស់ស្របតាម សភាពការណ៍នយោបាយ និងសេដ្ឋកិច្ចសង្គមយ៉ាងល្អប្រសើរ។ ប៉ុន្តែនៅអំឡុង ឆ្នាំ១៩៧៥-៧៨ ក្រោមការដឹកនាំរបស់របបកម្ពុជាប្រជាធិបតេយ្យ បណ្ឌិតសភាយោធានេះ ត្រូវបានលុបបំបាត់ចោលទាំងស្រុង ហើយបណ្តាឯកសារហ្វឹកហ្វឺនយោធាទាំងអស់នៅពេលនោះ ក៏ត្រូវបានពួកគេកំទេចបំផ្លាញចោលផងដែរ។
នៅក្នុងឆ្នាំ១៩៨៤ ត្រូវបានបង្កើតជាថ្មីឡើងវិញដោយឲ្យឈ្មោះថា សាលានាយទាហាមធ្យមជាន់ខ្ពស់ដែលមានទីតាំងនៅក្នុងភូមិមិត្តភាព សង្កាត់ ឬស្សីកែវ ខណ្ឌឬស្សីកែវ រាជធានីភ្នំពេញ។ ដំណើរការអប់រំបណ្តុះបណ្តាលនាពេលនោះ ត្រូវបានបែងចែកជាពីរផ្នែក ទីមួយ គឺផ្នែកហ្វឹកហ្វឺននាយទាហានថ្នាក់មធ្យម និងទីពីរ គឺផ្នែកហ្វឹកហ្វឺននាយទាហានជាន់ខ្ពស់ ដោយមានរយៈពេលពីប្រាំមួយខែដល់មួយឆ្នាំ ក្នុងវគ្គសិក្សានីមួយៗ ប៉ុន្តែក្រោយកិច្ចព្រមព្រៀងសន្តិភាព ២៣ តុលា ១៩៩១ ត្រូវបានរំលាយជាថ្មី។
ក្រោយការបង្រួបបង្រួមជាតិ និងការបោះឆ្នោតឆ្នាំ១៩៩៣ មកក្រសួងការពារជាតិ រៀបចំឡើងវិញនូវសាលាហ្វឹកហ្វឺន បណ្តុះបណ្តាលធនធានមនុស្សនៃកងយោធពលខេមរភូមិន្ទ។ ដូច្នេះបណ្ឌិតសភាយោធា ត្រូវបានបង្កើតសារជាថ្មីឡើងវិញ ដោយព្រះរាជក្រឹត្យលេខ ជស⁄រកត/០៤ ៩៧/១២ ចុះថ្ងៃទី ១១ ខែ មេសា ឆ្នាំ ១៩៩៧ មានឈ្មោះថា "បណ្ឌិតសភាកងយោធពលខេមរភូមិន្ទ" ក្រោយមកក៏ត្រូវបានប្តូរឈ្មោះទៅជា វិទ្យាស្ថានយោធាកម្ពុជា វិញ យោងតាមអនុក្រឹត្យ លេខ ១៦ អនក្រ.បក ចុះថ្ងៃទី ០៩ ខែ កុម្ភ: ឆ្នាំ ២០០១។ ក្រសួងការពារជាតិ បាន កំណត់ក្របខណ្ឌចាត់តាំងត្រឹម ចំនួន ២៦០ នាក់ (យោងតាមប្រកាសក្របខណ្ឌលេខ ០០៣/ផក ចុះថ្ងៃទី ១៥ ខែ កុម្ភ: ឆ្នាំ ២០០១ ដែលបានចុះហត្ថលេខាដោយសហរដ្ឋមន្ត្រី ក្រសួងការពារជាតិ)។
យោងតាមសភាពការណ៍អភិវឌ្ឍន៍វិស័យសិក្សាអប់រំទាំងផ្ទៃក្នុងជាតិអន្តរជាតិមានការរីកចំរើនជឿនលឿនប្រកបដោយវិទ្យាសាស្ត្របច្ចេកទេសខ្ពស់។ ពិសេសវិស័យការពារជាតិមានតម្រូវការចាំបាច់នូវធនធានមនុស្សស្របតាមសភាពការណ៍។អន្តរជាតិមានការរីកចំរើនដូចនេះ កងយោធពលខេមរភូមិន្ទ ចាំបាច់ត្រូវកែសម្រួល និងរៀបចំឡើងវិញលើកម្រិតបណ្តុះបណ្តាលថ្នាក់បឋម មធ្យម ឧត្តម និងក្រោយឧត្តម អំពីជំនាញភាសាបរទេស ព័ត៌មានវិទ្យា ភស្តុភារបច្ចេកទេស បញ្ជាការសេនាធិការ យុទ្ធសាស្ត្រការពារជាតិ សន្តិសុខជាតិ និងអន្តរជាតិ ក្នុងកម្រិតបរិញ្ញាបត្ររង បរិញ្ញាបត្រជាន់ខ្ពស់ និងបណ្ឌិត ឲ្យស្របតាម តម្រូវការចាំបាច់ស្តីពីការអប់រំបណ្តុះបណ្តាលធនធានមនុស្សក្នុងវិស័យការពារជាតិ។
ដូច្នេះវិទ្យាស្ថានយោធាកម្ពុជា ត្រូវបានតម្លើងឋានៈជា សាកលវិទ្យាល័យការពារជាតិ ដោយអនុក្រិត្យលេខ ១៣២អនក្រ.បក ចុះថ្ងៃទី ២៨ ខែវិច្ឆិកា ឆ្នាំ ២០០៦។ មានក្របខ័ណ្ឌចាត់តាំង ៣២៤ នាក់តាមសេចក្ដីប្រកាសក្រសួងការពារជាតិ។